سوءنیت یا قصد مجرمانه یکی دیگر از عناصر تشکیل­دهنده جرم صدور گواهی خلاف واقع است. در اینجا منظور از قصد مجرمانه مرتکب، این است که وی در انجام عمل خلاف قانون عمد داشته باشد و این نکته را از عبارت «برخلاف واقع» مذکور در ماده ۵۳۹ قانون مجازات اسلامی می­توان استنباط کرد. مسلماً منظور مقنّن از خلاف واقع بودن گواهی در این عبارت، علم و اطلاع پزشک از اقدام خود و عمد او در صدور گواهی خلاف واقع است. به عنوان مثال، پزشکی که نوعی بیماری را گواهی می­کند که اساساً در شخص وجود خارجی ندارد و به عدم وجود آن بیماری علم و اطلاع دارد، لیکن عمداً مبادرت به صدور گواهی خلاف واقع برای شخص مورد نظر می­نماید، قصد مجرمانه او برای ارتکاب جرم محرز می­باشد و این بدان معنا نیست که چنانچه پزشکی بر اثر اشتباه در تشخیص نوع بیماری و یا تعیین مدت طول درمان مبادرت به صدور گواهی پزشکی نماید عمل او منطبق با ماده ۵۳۹ قانون مجازات اسلامی و مسئولیت جزایی او محرز می­باشد، بلکه برای تحقّق جرم موصوف، صرف اشتباه در تشخیص کافی نبوده و نیازمند احراز سوءنیت مرتکب می­باشد.

«چنانچه پزشک جراحت­هایی را که در جسم بیمار وجود خارجی ندارد مورد گواهی قرار دهد و گواهی او مناط حکم برعلیه دیگری باشد که به جبران خسارات وارده محکوم گردیده پزشک مسئول است و همچنین اگر پزشک در تشخیص ماهیت بیماری و عوارض آن دچار اشتباه شود او مسئول خطاهایی است که گواهی صادره متضمن آنهاست.»

بنابراین در مورد اوّل که پزشک مبادرت به صدور گواهی برای جراحت­های بیماری نموده که اساساً در جسم بیمار وجود خارجی ندارد، عمل او جرم و مستوجب مجازات است لیکن در مورد دوّم که پزشک در تشخیص ماهیت بیماری و عوارض آن دچار اشتباه شده مسئولیت او مدنی و فاقد جنبه جزایی است و صرفاً به جبران خسارت وارده محکوم می­گردد.

لازم به یادآوری است که تحقّق جرم صدور گواهی خلاف واقع منوط به تحقیق اهداف مورد نظر شخصی که پزشک برای او گواهی صادر نموده نمی­باشد، بلکه به مجرد تحریر و مهر و امضاء گواهی خلاف واقع و تسلیم آن به شخص مورد نظر، در صورت تحقّق سایر شرایط جرم مزبور کامل می­باشد و ضرورتی ندارد که مراجع قضایی تصدیق­نامه را پذیرفته یا ادارات دولتی و نظام وظیفه فرد را از خدمت معاف کرده باشند. به عبارت دیگر این جرم از جمله جرایم مقید به نتیجه نمی­باشد که تحقّق آن منوط به حصول کامل نتیجه مورد نظر متقاضی باشد.